El sector se encarga de la gestión administrativa y contable de los recursos económicos asignados a las 29 Unidades Ejecutoras, investigadores o grupos de investigación mediante el manejo de los fondos destinados a funcionamiento y equipamiento de dichas unidades, y a la subvención de los Proyectos de Investigación Plurianuales (PIP).

También se administran los subsidios de Cooperación Internacional  y todos los ingresos por Fondos No CONICET.